预防基孔肯雅热的最佳方法是避免蚊虫叮咬。具体措施包括使用驱蚊剂、穿着长袖上衣和长裤、使用0.5%氯菊酯处理外衣物、选择装有纱窗纱门的住所、使用蚊帐等。

减少基孔肯雅病毒传播的主要方法是控制蚊虫媒介和减少蚊虫孳生地。最少5天清洗一次盛水容器、处理废物。在疫情期间喷洒杀虫剂杀灭成蚊，对蚊子停留的容器内部和周围的表面进行药物处理，处理容器中的水以杀死未成熟的幼虫。